Správy povodí a závody sú vnútornými organizačnými jednotkami odštepného závodu na rovnakej organizačnej a riadiacej úrovni. V podniku je všeobecne uplatnená forma správy povodia, s výnimkou Odštepného závodu Bratislava, kde vzhľadom k osobitostiam činnosti a pôsobnosti tohto odštepného závodu je použitá aj organizačná forma správa vnútorných vôd a organizačná forma závod, t. j. Závod vodné dielo Gabčíkovo a Závod Dunaj.

Pojem správa povodia obsahovo zahŕňa aj organizačnú jednotku správa vnútorných vôd. V organizačnej jednotke správa vnútorných vôd sa vykonávajú tie isté prevádzkovo-technické, výrobné, verejnoprospešné a ekonomické aktivity ako v správe povodia, ale sa nevzťahujú na niektoré čiastkové povodia alebo časť čiastkového povodia.

Základné činnosti jednotlivých správ povodí a správ vnútorných vôd:

• konkrétny výkon činností súvisiacich so správou, odbornou prevádzkou, opravami a údržbou upravených vodných tokov, vodných stavieb na nich vybudovaných, alebo im slúžiacich a súvisiacich so správou povodia;
• komplexná správa, opravy a údržba vodohospodárskeho i ostatného hmotného majetku štátu v správe podniku vrátane správy neupravených vodných tokov;
• vykonávanie súvisiacej stavebno-montážnej činnosti a ostatných pomocných a vedľajších činností, ktorými je podmienený predovšetkým riadny výkon správy, prevádzky a racionálneho využívania zvereného majetku štátu;
• vykonávanie ostatných činností a úloh, vyplývajúcich z právnych predpisov, viazaných na spravovaný majetok a vykonávaný povinný a ostatný predmet činnosti podniku;
• plnenie úloh v oblasti pracovno-právnej a s tým priamo súvisiacej oblasti mzdovej, daňovej, ďalej oblasti poistenia, sociálnej starostlivosti, vyplývajúcich z postavenia správy povodia ako zamestnávateľa, z čoho vyplýva, že správa povodia vystupuje v tejto oblasti ako zamestnávateľ;
• zabezpečovanie úloh v oblasti bezpečnosti a ochrany zdravia pri práci a požiarnej ochrany, obrany, mobilizácie a ďalších.